[php] php-include und functions

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Hallo Leute,

folgende frage:
wenn ich ein php-file include und if-abfragen o. aehnliches nicht in funktionen packe, werden diese dann sofort beim includen abgearbeitet?

und:
meine ueberlegung geht dahin, php3 und java-script strikt zu trennen. d.h. ich moechte alle java-script-befehle in - wahrscheinlich - string-variablen packen und an die php-datei oder -function uebergeben, wo ich sie dann ausfuehren lasse und auch auf fehler sauber reagieren kann.
hat irgendjemand ein beispiel wie dies zu loesen ist, oder bleibt der wunsch der vater des gedanken?

gruss

torsten